为了实现这个方针,教育工作必须由党来领导,“一切教育行政机关和一切学校,应该受党委的领导”,“在一切高等学校中,应当实行党委领导下的校务委员会负责制,一切中等学校和初等学校,也应该放在党委的领导之下”。这一指示彻底否定了“一长制”,认为它“容易脱离党委领导”。

1980年12月27日,中共中央组织部、教育部发出两份关于高校领导班子建设的文件:一是《关于加强高等学校领导班子建设的意见》(以下简称《意见》)。《意见》中要求:党政干部要明确分工。党委对学校工作的领导,主要应是路线、方针、政策的领导,要着重致力于做好政治思想工作,以及党的思想、组织建设工作。学校所有的行政工作,都应由院校长为首的行政人员去处理,要使他们有职有权有责。二是《关于高等学校领导干部管理工作的通知》(以下简称《通知》)。《通知》规定:全国重点高等院校的党委正、副书记,正、副院校长和非重点高等学校的党委书记、院校长由中央管理。非重点高等院校的党委副书记、副院校长,专科学校的正、副书记和正、副院校长,凡属部委主管的,由部委党组管理;凡属省、自治区、直辖市的院校,由省、自治区、直辖市党委管理。高等学校处、系级干部.由学校党委自行管理。此后的30多年里,校长由行政部门任命,学校归属于某一个具体的行政部门的学校与政府间的关系一直没有变化。