接着经历了从2002年至2009年民办学校开始分化、重组、优胜劣汰阶段。2002年12月28日，第九届全国人大常委会第三十一次会议通过了《中华人民共和国民办教育促进法》，其中提到民办学校与公办学校具有同等的法律地位，国家保障民办学校的办学自主权。然而，在实施过程中，民办学校的办学自主权与教育行政部门管理权之间的界线范围一直难以明晰，不同人对民办教育的地位、作用认识不一致，忽视甚至歧视民办教育的现象长期存在，加之管理、经费、质量等方面的问题，阻碍了民办教育的发展。
以《民办教育促进法》的颁布为界，中国民办教育的政策演进方向呈现出两种相反的趋势。在2003年以前，从中央到地方与民办教育相关的公共政策都表现出积极支持的倾向，但这种趋势以《民办教育促进法实施条例》的发布为标志开始发生变化，管理、规范成为中央政府民办教育政策设计的主流。尽管民办教育对中国社会转型、促进教育发展和推动社会进步做出了重要贡献，但事实上没有获得与公办教育同等的法律地位。2008年印发的《独立学院设置与管理办法》引了民办教育的“真”“假”之争，“真民办教育”呈现整体走弱的态势。随着国家免除义务教育阶段学杂费政策的实施，以及该政策背后国家对义务教育责任的回归，民办学校面临政策歧视，生源流失严重。