注释与参考文献都是对有关引证、参阅、研读过的资料的说明。但习惯上二者有细小的区别。注释是对个别的具体的引证资料的说明，需要注出书籍、杂志的页码。而参考文献是对参考了整体内容的文献资料的说明，只列出书目，不标明具体的页码。一般来说，一篇论文要么选用注释的方式，要么选用参考文献的方式。当然，两者同时出现，也是可以的。引证材料应以原始文献和第一手资料为基本依据。凡引用人观点、方案、资料、数据等，无论曾否发表，无论是纸质或电子版均应详加注释，如实说明。这一条，已在学术界形成共识，且以文件形式规定下来。《高等学校哲学社会科学研究学术规范（试行）》中指出：“需要将论文在研究和写作中可参考或引证的主要文献资料，列于论文的末尾。对所引用的他人议论、意见、观点及重要资料的来源，需要在注释中注明，清楚地反映作者、书籍名称或刊物出版社、出版时间、页码等。”引证材料的形式大致可以分为3种情况。
第一种情况是直引述原文。直接引述原文，需要注明受引文献的出处。当然，如果在施引文章的正文中已有受引文献出处的交代，再次言及受引文献时可不再著录出处。
第二种情况是间接引述。对间接引述的料，可视具体情况决定是否注明出处。如不为人知的材料，或易引起混淆的材料，可注明出处。无此之虑者，可不注明出处。
第三情况是概述材料，即用自己的话加以转述。这种情况在文中表材料的来路即可，一般不必详加注释。此外，施引文章提及的资料是人所皆知的，则不必专门著录出处。这里，应当引起作者注意的一个问题是，引证材料无论是事例还是论点，都要保持原型的客观本色，不要混入引述人的主观偏见，不要对原材料进行人为的切换改变或偷换概念。
注释和参考文献能间接地反映课题的脉络、源流，也可以体现论文的起点、深度、广度。人们可以从参考文献中看出选题与其相关论著之间的联系，便于互通信息，共享资源，也便于人们根据所列线索，查寻有关资料。同时，列出参考文献，也是对原作者劳动成果的尊重和对知识产权的维护。而且，对引用的资料做出说明、交待，注明来源出处，表示论据、材料有可靠的来源，便于读者查阅，为同课题研究提供相关的线索。注释尽量使用原件，并且达到准确无误。注释、参考文献一般采用尾注，按顺序编码。所用式除序号多用圆圈外，其他与理科论文相同（参见第五章第三节）所加注释和所列参考文献一般另起一页，标注方式按GB7714-87《文后参考文献著录规则》进行。注释和参考文献中列出的籍、杂志应是正式出版物或是电子文献。
当然，注释和参考文献并非论文格式中的必备项目。有些文事实上不存在参考文献，因而不必硬性拼凑参考文献。如先进技术的应用，独创的经验，源于实践的新方法、新工艺等，撰写时就没有这方面的文献，或作者没有参考过任何文献。学术论文要免繁琐的文献赘述，巨细元遗，旁征博引，反而会淹没主题，影响自身内容的表达。
